尽管光荣宣布《忍者龙剑传 大师合集》收录了《忍者龙剑传 Σ》、《忍者龙剑传 Σ2》、《忍者龙剑传3：刀锋边缘》三部曲，包含了历代作品的所有游戏模式及服装，但实际上官方还是有一些删减内容的。从此前制作人透露的细节，《忍龙大师合集》删减了多人模式内容，并除去了“乳摇”功能。
首先，光荣特库摩和Team Ninja此前已经确认《忍者龙剑传∑2》中的“Tag Missions”将不支持在线多人模式。“Tag Missions”是一个任务模式，玩家们可以在游戏中选择两名角色，并在战斗中随时切换操作使用，借此来攻略任务关卡。
由于这个模式中不乏许多难以过关的高难度任务，因此玩家们可以利用就算体力归零也一样可以自动复活的「Practice Mode」练习模式来熟悉任务的攻略操作。
其次，制作团队删减了《忍者龙剑传3：刀锋边缘》“世界之影”(《忍龙3》的多人连线模式)中的“帮派对战(Clan Battle)”，以及“忍者试炼(Ninja Trials)”中的在线多人模式。在“帮派对战”中，玩家可以从两种主要的武器中选择，然后彼此对抗。而在“忍者试炼”中，玩家可以一起合作来完成很多任务。
最后，《忍者龙剑传：大师合集》也不支持原版乳摇功能。
